L'attaquant de Chelsea Pedro Neto a ouvert le score d'une frappe croisée du gauche (23e, 1-0), mais le Nigeria a égalisé par Akor Adams, qui s'est débarrassé de trois défenseurs portugais pour glisser le ballon sous les jambes du portier Diogo Costa (38e, 1-1).
L'ailier de la Juventus Francisco Conceiçao a redonné l'avantage à la Seleçao en revenant dans l'axe et en décochant une belle frappe croisée du gauche (75e, 2-1).
Le quintuple Ballon d'or Cristiano Ronaldo n'a lui pas profité de ce match amical pour rassurer ceux qui doutent de sa capacité à se montrer à 41 ans aussi décisif que par le passé.
Il a même gâché plusieurs occasions franches de marquer. Dès l'entame du match, superbement servi dans l'axe par Nelson Semedo, "CR7" a manqué le cadre d'un plat du droit (9e). Sa tête décroisée est ensuite passée au-dessus de la transversale (34e), puis il a complètement dévissé une frappe du gauche alors qu'il était seul devant le gardien nigérian (50e).
Lors de son premier match de préparation, le Portugal avait battu le Chili (2-1) samedi près de Lisbonne, avec des buts signés Gonçalo Guedes et Bruno Fernandes.
Le sélectionneur espagnol Roberto Martinez disposait mercredi soir de son effectif au complet puisque les quatre internationaux qui ont remporté la Ligue des champions avec le Paris Saint-Germain ont rejoint le groupe.
Les milieux Vitinha et Joao Neves ont été alignés d'entrée aux côtés du maître à jouer de Manchester United Bruno Fernandes.
La Seleçao partira vendredi pour s'installer dans son camp de base de Palm Beach, en Floride.
Elle lancera son Mondial le 17 juin face au RD Congo avant de croiser l'Ouzbékistan puis la Colombie dans le groupe K.